Семепреносимите болести са основен лимитиращ фактор за производството на ечемик. Най-важните патогени са Ustilago nuda, причиняваща кафява праховита главня и Helminthosporium graminea, предизикваща ленточна болест.

Кафявата праховита главня е с голяма стопанско значение за ечемика. Характерните симптоми на болестта се проявяват в периода на изкласяване. В заразения клас вместо семена се образува черна главнива маса, в каято той е видоизменен. Като правило всички части на класа са разрушени. Незасегнато остава само вретеното, а понякога и малка част от осилите. Борбата срещу тази болест се води основно чрез предсеитбено третиране на семената и по селекционен път. Устойчивост съм причиинтеля на кафявата праховита главня притежава зимният пивоварен сорт Перун.

Ленточната болест е с определящо стопанско значение за ечемика. Признаците на болестта се наблюдават от появата на кълновете до узряването, но най- характерни са симптомите в периода след изкласяване. Върху листата се развиват светложълти петна, които постепенно се удължават между жилките. Впоследствие петната потъмняват и се разкъсват по дължина на 2- 3 ленти. Постепенно заразените листа изсъхват изцяло. Нападнатите растения не изксласяват или остават стерилни. В редки случаи, когато образуват семена, те са спарушени и слабо развити. Ограничаването на разпространението на болестта се извършва основно чрез обеззаразяване на семената.

Семената, като  форма на нов живот, са крехки и слаби и имат нужда от грижи. И тези грижи започват с обеззаразяването. Третирането на семената с подходящ препарат предпазва не само тях, но и кълновете, коренчетата и младите растения в началните фази от развитието им. Известно е, че предлаганите продукти за обеззаразяване имат и стимулиращо действие при покълнването и развитието на младите растения. Осигурява се дружно покълнване и поникване, равномерно развитие и сигурен добив. Изборът на продукт за обеззаразяване зависи от много условия. Необходимо е да се знае заспоряването на семената с причинителите на семепреносими патоени. Тази информация се получава с извършването на фитопатологичен анализ. Въз основа на това  се избира подходящият фунгицид. Посевът е в оптимално състояние, когато не е установено заспоряване. Задължително е третиране на посевен материал в елитното семепроизводство. Изборът на продукт зависи и от обеззаразяващата техника. Третиране с изправна техника, която точно дозира препарата, осигурява качествено и равномерно покритие на семената. Спектърът на действие на продуктите за обеззаразяване е свързан със способността на активните вещества да преминават в тъканите на гостоприемника. Контактните фунгициди не могат да  подтиснат развитието на патогените вътре в семето, а само по повърхността. Те осигуряват защита от инфекция от почвата и по повърхността на семената. Активните вещества на системните фунгициди осигуряват сигурна защита срещу главните, причинявани от повърхностна или от вътрешна инфекция, подтискат развитието на коренови гниенета, задържат развитието на септориози в ранни стадии на  онтогенезата. Препоръчително е използавнето на системни фунгициди - осигуряват по-сигурна защита.

При третиране на семената с химични средства е задължително да се спазват  някои условия:

• Правилен избор на обеззаразяваща техника.
• Стриктно спазване на указанията за прилагането на съответния продукт.
• Строго съблюдаване на посочената доза.

Качеството на обеззаразяване определя ефекта от фунгицида. Необходим е достъп на препарат до всяко зърно и  равномерно покритие по повърхността му.

Борбата с болестите е ефикасна, когато се провежда комплексно, с необходимата профилактична, икономическа и екологична насоченост. Спазването на основните аротехнически мероприятия няма да елиминира напълно болестите, но ще ограничи силно степента им на развитие и съответно  загубите.

Превантивни мерки:

• Спазване на подходящо сеитбообръщение.
• Наситняване и заораване на растителните остатъци.
• Използване на здрав посевен материал.

Химична защита:

За обеззаразяване на семената срещу главни и ленточна болест се препоръчват: Баритон Супер 97,5 ФС - 100 мл, Ламадор 400 ФС - 20 мл, Ламадор Про - 50 мл, Кинто Трио - 120-150 мл, Ранкона 15 Е, Ранкона и-микс, Ранкона Роял - 100 мл, Ориус 5 ФС/Сейвидж 5 ФС- 150 мл, Тесоро 250 - 100 мл и др. Те се прилагат по полумокър начин, като препоръчваната доза се разтваря в 4 л вода, а полученият разтвор е за 100 кг семена.